Os aeroportos de Jacksonville estavam sob o alcance da Autoridade Portuária desde que a Autoridade Portuária de Jacksonville (JPA) foi criada por um ato especial do Legislativo da Flórida em 1963. Sua Carta direcionou a autoridade para desenvolver, manter e comercializar as instalações portuárias de Jacksonville enquanto operava como um o negócio. Em maio de 2001, o Legislativo da Flórida aprovou a reestruturação da Autoridade Portuária de Jacksonville em duas entidades separadas (City J-BILL-1104): A Autoridade de Aviação de Jacksonville (JAA) e a Autoridade de Porport Sea Jacksonville, a partir de 1º de outubro de 2001.
O JAA é controlado por um conselho de administração de sete membros. Três são nomeados pelo prefeito de Jacksonville e quatro são selecionados pelo governador da Flórida. Os membros do conselho estão limitados a dois mandatos consecutivos de quatro anos. O conselho se reúne mensalmente em reuniões abertas. As operações diárias são tratadas por uma equipe de gerenciamento composta por um diretor executivo/CEO, um diretor de operações e um diretor financeiro.
O sistema aeroportuário de Jacksonville, incluindo pistas, hangares, edifícios de terminais, áreas de carga aérea, terrenos de aeroportos e conexões de estradas com o sistema de rodovias públicas pertencentes e mantidas pela JAA, que também gerencia seu uso geral. As companhias aéreas, empresas de aluguel de carros e concessionárias de terminais pagam arrendamento e taxas de aluguel à JAA pelo direito de operar fora do aeroporto. Essa receita financia as operações diárias para que os dólares dos impostos públicos não sejam necessários. Para o ano fiscal de 2010, eles reportaram lucro líquido de US $ 20,4 milhões e ativos de US $ 436,7 milhões.
A JAA também possui seu próprio departamento de segurança aeroportuário, que incluiu 26 oficiais juramentados em 2010. O JAA considerou brevemente a dissolução de sua força interna em 2009, pedindo ao xerife John Rutherford estimativas de custos se o escritório do xerife de Jacksonville começou a patrulhar as propriedades do aeroporto. No ano seguinte, o Conselho de Administração da JAA optou por expandir seu próprio departamento de polícia contratando mais 9 policiais.
Eles também trabalham em conjunto com a Administração de Segurança de Transportes, a Administração Federal de Aviação, a Imigração dos EUA e a Alfândega e a Administração de Aplicação de Drogas para fornecer instalações seguras para todos os usuários da aviação.
O Programa de Embaixador do Aeroporto é um serviço estabelecido em 1998. Ele é compensado por voluntários que fornecem informações a viajantes e instruções pelas instalações do aeroporto. A partir de 2009, os embaixadores começaram um projeto para distribuir flores para viajantes no Dia dos Namorados e no Dia das Mães. Em 14 de fevereiro de 2011, mais de mil cravos vermelhos, brancos e rosa foram levados como um gesto de boa vontade para Jacksonville.
2011 marcou o 10º aniversário da autoridade, que anunciou uma grande campanha de relações públicas no final de 2010 para chamar a atenção para o sistema aeroporto de Jacksonville. O logotipo da autoridade foi alterado drasticamente, assim como o logotipo dos quatro aeroportos, três dos quais foram renomeados.
Herlong Airport → Herlong Recreational AirportCecil Field → Cecil AirportCraig Municipal Airport → Jacksonville Executive at Craig AirportOs sites para todas as entidades da JAA também foram redesenhados.